Vào cuối năm 1945, sau hai lần nhận được điện mời của Chủ tịch Hồ Chí Minh, cụ Huỳnh Thúc Kháng từ Huế đã ra Thủ đô Hà Nội. Gặp nhau, hai người ứa nước mắt.
Bác Hồ nói: Việc mời cụ ra nhậm chức Bộ trưởng Bộ Nội vụ là ý kiến chung của tất cả anh em các đảng phái, chớ không phải ý kiến riêng của tôi, vì cụ ở lại trong nước, cụ biết rõ trình độ tiến bộ của đồng bào ba kỳ, đồng thời đồng bào ba kỳ đều tín nhiệm cụ.
Cụ Huỳnh nói: Tôi ra đây là cốt gặp cụ, chớ lúc này là lúc cần tăng gia sản xuất mà tôi không biết cầm cày, cầm cuốc; lại cần phải kháng chiến mà tôi lại không mang súng nổi. Cụ nên kiến nghị người trẻ thạo việc để trao nhiệm vụ thì hơn.
Sau nhiều lần trao đổi, cuối cùng cụ Huỳnh Thúc Kháng đã nhận lời tham gia Chính phủ do Chủ tịch Hồ Chí Minh đứng đầu.
Tại cuộc họp đầu tiên của Quốc hội ngày 2-3-1946, khi giới thiệu danh sách Chính phủ Liên hiệp để Quốc hội thông qua, Chủ tịch Hồ Chí Minh trình bày:
Bộ Nội vụ: một người đạo đức danh vọng mà toàn quốc dân ai cũng biết: cụ Huỳnh Thúc Kháng.
Sau đó cụ Huỳnh lại được cử làm Hội trưởng Hội Liên hiệp Quốc dân Việt Nam (Gọi tắt là Hội Liên Việt).
Sáng ngày 31-5-1946, Chủ tịch Hồ Chí Minh rời Hà Nội đi Pháp để mở cuộc đàm phán chính thức với Chính phủ Pháp. Sân bay Gia Lâm hôm ấy đông nghịt người ra tiễn. Chủ tịch Hồ Chí Minh đi một vòng chào các đại biểu và đồng bào. Đồng bào vẫy cờ, vỗ tay hoan hô và chen lấn nhau ra phía trước để được nhìn rõ Người.
Sắp đến giờ lên máy bay, Bác tới nắm tay cụ Huỳnh nói:
Tôi vì nhiệm vụ quốc dân giao phó phải đi xa ít lâu, ở nhà trăm sự khó khăn nhờ cậy ở cụ cùng với anh em giải quyết cho. Mong cụ “Dĩ bất biến ứng vạn biến” (lấy cái không thay đổi để đối phó với muôn sự thay đổi). Cụ Huỳnh rất cảm động, cầm tay Bác hồi lâu, Bác đã ủy nhiệm cụ Huỳnh làm Quyền Chủ tịch nước trong thời gian Bác đi vắng.