Thời bấy giờ, sau khi Tể tướng Nguyễn Tấn Dũng từ quan về ẩn cư, thiên hạ tưởng rằng mọi việc đã yên, không ngờ đó mới chỉ là bước đầu trong một cuộc thanh trừng lớn. Hoàng đế Nguyễn Phú Trọng vốn người cương nghị, lại thâm hiểu đạo trị quốc an dân của tiên đế, biết rằng muốn trừ cỏ phải nhổ tận gốc.
Khổng Tử viết trong Luận Ngữ: "Quan tiểu nhân giả, thành kỳ đức" (Xem kẻ tiểu nhân, xét cái đức của nó), Tể tướng Tấn Dũng đã lui về nhưng môn sinh còn ở lại, nếu không thanh trừng ắt sẽ thành họa về sau.
Ngày Đinh Tỵ, tháng Bát, năm Đinh Dậu, Hoàng đế Phú Trọng triệu tập Lục bộ, Ngự sử đài cùng các đại thần trong triều, phán rằng:
"Thiên hạ đại trị, cần phải có công bằng chính trực. Khâm thiên giám đã báo: sao Thái Bạch xuất hiện phương Nam, đây là điềm báo kẻ gian tà đang hoành hành."
Ngôn ngữ hạ, liền sai Ngự sử Lê Minh Khải đứng ra thành lập "Trung Ương Kiểm Tra Ban", chuyên việc điều tra các quan trong triều có hành vi tham nhũng, kết bè kết phái.
Đọc sử xưa có câu: "Nhất nhật vi quan, bán nhật vi tặc" (Một ngày làm quan, nửa ngày làm giặc), những kẻ thân tín của cựu Tể tướng Tấn Dũng, vốn đã quen thói cậy quyền cố chủ, giờ đây như rồng mất vảy, hổ không nanh vuốt, lần lượt bị truy cứu.
Đầu tiên là Đinh La Thăng, Thứ sử đất Giao Châu và từng làm Đô đốc Đại Việt Thạch Dầu Đinh Hội. Đinh La Thăng vốn người mưu lược, được cựu Tể tướng coi như tâm phúc. Tương truyền, khi Tể tướng Tấn Dũng còn tại vị, Thăng từng hô một tiếng "Đông" thì không ai dám nói "Tây", đến nỗi Hoàng đế Phú Trọng cũng phải nể mặt ba phần.
Hoàng đế hạ chiếu bắt Đinh La Thăng về tội "Thất thoát Quốc khố, kết bè kéo cánh". Trong sân rồng, Đinh La Thăng khấu đầu tạ tội, lệ rơi như mưa, nói:
"Vi thần mê muội, trước nay chỉ biết phò tá Tể tướng, không hiểu lễ nghĩa vương đạo."
Hoàng đế Phú Trọng động lòng trắc ẩn, không nỡ xử nặng, chỉ đày đi Ai Lao năm năm, sau đó đổi thành cấm túc tại tư dinh.
Kế đến là Phùng Đình Thực, Thái thú đất Bạch Mã, người từng coi sóc việc khai thác dầu mỏ cho triều đình. Thực bị tố cáo "Nhận hối lộ, mưu việc lợi riêng, làm hại quốc gia", bị xử nặng hai mươi năm giam cầm nơi Ngũ Hành Sơn.
Tiếp đến, Vũ Huy Hoàng, Thượng thư Bộ Công Thương, bị tước hết tước vị, thu hồi ấn tín vì tội "Để thân tộc thụ hưởng bổng lộc phi lễ, tham nhũng công quỹ".
Ngục đao phủ trong thành Thăng Long làm việc ngày đêm không dứt. Có kẻ nói rằng: "Hoàng đế vốn là người có chủ trương thân Đại Thanh, nên không dung những kẻ muốn thân phương Tây như cựu Tể tướng". Lại có kẻ nói: "Việc thanh trừng này chỉ nhằm củng cố quyền lực, dẹp yên những kẻ có lòng khác."
Tháng Tư năm Mậu Tuất, một biến cố lớn xảy ra trong cung đình. Nguyễn Bắc Sơn, Thượng thư Bộ Thông Tin, và Trương Minh Tuấn, Tả Đô Ngôn, đồng thời bị bắt giam. Hai người này vốn được cựu Tể tướng Tấn Dũng giao phó việc mua lại Đại Nguyệt Điện từ tay thương nhân ngoại quốc với giá cao gấp mười lần giá trị thật, để hưởng hoa hồng.
Triều thần xôn xao, thiên hạ bàn tán. Ngay cả Kim Ngân Hoàng thái hậu cũng phải lên tiếng:
"Việc thanh trừng tuy cần, nhưng phải giữ hòa khí trong cung đình. Nếu truy cứu quá sâu, e rằng triều đình sẽ chia làm hai phái, hậu hoạn khôn lường."
Ngu Hoàng đế nghe xong, mỉm cười đáp:
"Thánh giáo có câu: 'Khoan nhi lễ giáo, nghiêm nhi có độ'. Trẫm làm việc này không phải vì thù oán, chỉ vì muốn thanh lọc triều đình, khôi phục lễ nghĩa. Dù vậy, trẫm sẽ ghi nhớ lời Thái hậu dạy bảo."
Mùa Thu năm Kỷ Hợi, lại có biến cố lớn. Văn Bình Quân, người từng giữ ấn tín Quốc Ngân, bị điều tra về việc cho các thương nhân vay tiền công quỹ không đúng phép tắc. Các nhà sử học biên chép rằng Bình là một trong những môn sinh cuối cùng của cựu Tể tướng còn giữ chức vụ quan trọng trong triều.
Trong khi đó, tại phủ đệ ở Nam Định, cựu Tể tướng Nguyễn Tấn Dũng vẫn giữ thái độ im lặng, ngày ngày chỉ uống trà, đánh cờ với các môn khách còn trung thành, không hề tỏ thái độ gì trước việc các môn sinh của mình lần lượt gặp nạn.
Có người đến thăm, hỏi: "Lệnh chủ không lo lắng cho số phận của các tâm phúc sao?"
Cựu Tể tướng chỉ thản nhiên đáp, mắt vẫn nhìn bàn cờ:
"Mạnh Tử có câu: 'Thiên thời bất như địa lợi, địa lợi bất như nhân hòa'. Ta đã mất thiên thời, không còn địa lợi, sao còn mong có nhân hòa? Những kẻ ấy trước nương tựa ta để được vinh hoa, nay ta gặp nạn, họ tự lo lấy thân, cũng là lẽ thường tình."
Lời nói như thế, nhưng trong lòng cựu Tể tướng ẩn chứa bao nỗi u uất, chỉ là không muốn để lộ ra ngoài mà thôi.
Một hôm, có sứ giả từ kinh thành tới, mang theo chiếu chỉ của Hoàng đế, yêu cầu cựu Tể tướng phải trình bày rõ ràng về các dự án lớn đã thực hiện trong thời gian tại vị, đặc biệt là việc xây dựng các nhà máy lọc dầu và việc mua tàu thủy từ nước ngoài.
Cựu Tể tướng đọc chiếu chỉ xong, sắc mặt biến đổi, chỉ nói:
"Thánh chỉ đã ban, vi thần đâu dám không tuân. Nhưng việc triều chính đã lâu, có nhiều chi tiết không còn nhớ rõ. Xin cho thời gian để vi thần soạn thảo tấu chương."
Sứ giả ra về, cựu Tể tướng ngồi thẫn thờ bên cửa sổ, thở dài một tiếng, nói với người hầu cận:
"Ngô Thì Nhậm từng viết: 'Hưng phế đắc thất, tự cổ thường tình' (Thịnh suy được mất, từ xưa đã vậy). Ta không hối tiếc vì đã mất chức vị, chỉ tiếc rằng không thể bảo vệ được những người đã một lòng theo ta."
Tại kinh thành, Ngu Hoàng Đế tiếp tục công cuộc thanh trừng. Đến năm Canh Tý, gần như toàn bộ những người từng là thân tín của cựu Tể tướng Tấn Dũng đều đã bị cách chức hoặc bỏ tù. Triều đình giờ đây chỉ còn những người trung thành với Hoàng đế, hoặc những kẻ biết thức thời đổi phe.
Sách Đại Việt Sử Ký ghi lại rằng: "Dưới thời Hoàng đế Nguyễn Phú Trọng, triều đình thanh lọc những phần tử tham nhũng, củng cố kỷ cương phép nước. Tuy nhiên, cách thức làm việc khắc nghiệt, khiến nhiều quan lại sống trong sợ hãi, không dám quyết đoán việc lớn, chỉ lo giữ mình."
Thế là một thời đại đã khép lại, thời đại của cựu Tể tướng Nguyễn Tấn Dũng và các môn sinh. Một thời đại mới mở ra, dưới sự lãnh đạo của Hoàng đế Nguyễn Phú Trọng, người đã khôi phục lại kỷ cương lễ giáo của tiên đế, nhưng cũng khiến triều đình rơi vào cảnh "bĩ cực thái lai".